Era filha de Amadeu II, conde de Sabóia, Maurienne e Piemonte, e da condessa Mafalda de Albon. Ignora-se a data do seu nascimento, muito embora se se atender ao facto de ter sido mãe em Maio de 1147, atendendo a que terá casado em 1146, é crível, que andaria nessa data pelos 16-20 anos, pelo que se poderá deduzir que tenha nascido entre 1126 e 1130.
O casamento com o nosso monarca foi provavelmente em 1146. O certo é que só em Julho desse ano figura nos diplomas públicos o nome da soberana, com a forma de Mahada, tradução de Mahaut, nome da princesa de Sabóia.
Existe uma querela doutrinária quanto ao facto de o primeiro rei de Portugal ter desposado uma donzela vinda de tão longínquo reino, mas quer tenha sido por imposição, sugestão ou por decisão, considera-se que a principal razão para tal casamento foi o desejo de independência política e de distanciamento em relação ao seu primo, Afonso VII de Espanha.

Na época considerou-se, erradamente, que Afonso Henriques casou com alguém de condição inferior, por Mafalda ser apenas filha de Condes, mas ela era também sobrinha do Rei Luís VI de França, um dos mais importantes e poderosos reis do ocidente Cristão. Para além de que seu pai era um importante apoiante das Cruzadas.
O contrato de casamento foi celebrado quando ela tinha 12 anos e Afonso Henriques 30. Mas o casamento só foi celebrado 9 anos mais tarde, tendo ela 21 e ele 36.
Dúvida-se se o seu nome seria Mafalda ou Matilde. Alguns consideram que se chamava Mahaut (Matilde) como a mãe e que depois ao chegar a Portugal mudou de nome para Mafalda. Nos diplomas públicos o nome da soberana figura como Mahada, que seria tradução de Mahaut, o nome com que nasceu.
Deparou-se com um homem 18 anos mais velho, já com dois filhos de outra mulher (Châmoa Gomes, que era descendente dos Trava, viúva com três filhos e freira) que pelo que se dizia, ele amava há quase 10 anos, mas com quem não pôde casar, pois pela independência do reino, Afonso Henriques devia assumir-se como um monarca Católico e bem comportado aos olhos da Santa Sé.
Em doze anos de casamento, Mafalda deu à luz, pelo menos sete filhos: Henrique (1147), Urraca (1148), Teresa (1151), Mafalda (1153), Martinho (1157) depois chamado Sancho com a morte do irmão mais velho aos 8 anos, João (1156), Sancha (1157).
Criou junto com os seus os filhos ilegítimos do rei. Morreu dez dias após o nascimento da última filha, que quase não chegou a ver. Dos sete filhos, à idade adulta chegaram apenas três: Sancho, Teresa e Urraca.

Pouco se sabe sobre a personalidade da rainha. Há documentos, escritos por religiosos da época, em que se conta que estando a soberana num dos seus complicados partos, entre a vida e a morte, mandou chamar o padre Teotónio, prior do mosteiro de Santa Cruz, acreditando que com a sua bênção tudo se resolveria.
Facto é que assim aconteceu e logo que se restabeleceu a rainha quis ir ao mosteiro agradecer a intervenção divina, o que lhe foi vedado, pois o prior fugia das mulheres como se fossem inimigas e invocou ser aquele um lugar de reclusão de homens. Mafalda ao que consta ficou furiosa e tentou impor o seu estatuto de rainha, mas não conseguiu entrar, pois D. Teotónio recusou-se a infringir a regra do mosteiro.
Alguns dizem então que ela teria mau feitio e que seria causado pela infelicidade do seu casamento e pela morte do primeiro filho.
Outros consideram que tal não faz sentido pois tendo em conta as mentalidades da época, a maioria dos autores religiosos faziam referencias muito pouco lisonjeiras a mulheres que de algum modo ousavam enfrentar o poder, a mulher era considerada a principal fonte de pecado para os homens, especialmente religiosos.

O conceito de relacionamento no século XII também não era o mesmo que nos dias de hoje, os casamentos eram uniões decididas entre as casas reais com o objectivo de reforçar ou criar alianças político-militares, o amor era algo à parte e seria apenas fruto de convivência entre duas pessoas que eram obrigadas a viver juntas.
Por isso a maioria das esposas sabia da existência das amantes dos maridos, assim como dos seus pais. Criavam os bastardos reais, assim como antes tinham sido criadas com os irmãos bastardos. Havia uma vulgarização da mancebia. Não seria agradável, mas seria mais tolerado do que hoje em dia.
Alguns autores consideram que a infelicidade de Mafalda também poderia estar ligada ao temperamento violento de D. Afonso Henriques, que chegou mesmo a ser caracterizado como “frio e seco”.
Existe até uma lenda segundo a qual ele teria morto a mulher grávida ao pontapé, por ciúmes. Não é considerada de todo verdade, mas revela a fama de homem duro que D. Afonso Henriques tinha.
São atribuídas a D.Mafalda, educada sob influência da Ordem de Cister, muitas fundações de piedade e penitência, como o Mosteiro da Costa, em Guimarães e o hospital/albergaria de Marco de Canavezes.

“Diz-se que o nome “Marco de Canaveses” virá de um dia, quando a Rainha D. Mafalda, acabara de passar pelas obras da ponte que mandara construir para a travessia do rio Tâmega, e cheia de sede, pediu água aos pedreiros. Como o acesso ao rio era muito difícil, um deles ofereceu uma cana para que a rainha bebesse directamente do rio. A rainha ao devolve-la terá dito “Guardai-a porque a cana às vezes é boa”.
Assegurou a comunicação entre diversos povoados, nomeadamente uma ponte sobre o rio Tâmega e outra sobre o rio Douro, em Mesão Frio.
Proporcionou ainda a travessia desse rio através de dois barcos que mandou para Moledo e Porto de Rei.
Faleceu a 3 de Dezembro de 1157 ou 1158, com apenas 32 ou 33 anos, em Coimbra, sendo sepultada na igreja do mosteiro de Santa Cruz junto do marido, que ainda viveu mais 27 anos.
Só no século XVII voltará a acontecer uma união entre as casas de Portugal e da Saboia, quando Maria Francisca Isabel se casar com Afonso VI.